北京樱桃树在生长过程中，容易受到多种病虫害的侵袭，影响果实产量和品质，严重时会导致植株死亡。因此，做好病虫害防治工作，是种植北京樱桃树的重要环节。防治过程中，要坚持“预防为主，综合防治”的原则，结合樱桃树的生长习性和病虫害发生规律，采取物理防治，生物防治和化学防治相结合的方式，减少病虫害损失。
北京樱桃树常见的病害有流胶病，炭疽病，穿孔病等，常见的虫害有樱桃蚜虫，红蜘蛛，食心虫等。流胶病多发生在树干和枝条上，主要由伤口感染引起，防治时要避免果树受伤，修剪后及时涂抹伤口愈合剂，发病初期可涂抹杀菌剂进行防治。炭疽病主要危害果实，会导致果实腐烂，需在果实膨大期及时喷施杀菌剂，做好预防工作。穿孔病主要危害叶片，会导致叶片出现斑点，脱落，需及时清除病叶，集中烧毁，同时喷施杀菌剂进行防治。
虫害防治方面，樱桃蚜虫主要吸食叶片汁液，导致叶片卷曲，生长不良，可采用黄板诱杀的方式，或喷施低毒杀虫剂进行防治。红蜘蛛会在叶片上结网，吸食叶片汁液，导致叶片发黄脱落，可通过增加空气湿度，喷施阿维菌素等药剂进行防治。食心虫会蛀食果实，影响果实品质，需在成虫产卵期及时喷施杀虫剂，做好预防工作。此外，日常要加强果园管理，保持果园清洁，及时清除落叶，杂草，病果，减少病虫害越冬场所，合理修剪，改善树冠通风透光条件，降低病虫害发生概率。
